NPOでは、現在以下の４つの部会を編成し、活動しています。
各部会には担当理事を配置し会員の参加を求め、事務局と連絡を取りながら主体的な運営を行っています。令和６年度においては、下記部会の一層の活性化に努めるとともにその成果を研究会として関係機関に提供するなど公表、周知に努めていく。また、これら部会活動と並行しながら、調査研究、広報、港湾局広報等への協力活動を推進していく。
| コンテナ取扱施設拡充問題研究部会 | 担当理事 渡辺日佐夫 |
| 東京港東部地区地域再編研究部会 | 担当理事 高見憲一 |
| 東京港環境問題研究部会 | 担当理事 高野一男 |
| 調査研究・講演会企画部会 | 担当理事 大野晧一郎 |
NPOの主な活動・行事
| 総会 | ５月開催 |
| 理事会 | 年２～３回開催 |
| 合同部会 | 毎月１回開催 |
| 各部会活動 | 適宜 |
| 講演会の開催 | 年１～２回開催 |
| 国内外港湾調査 | 年１回（会員有志） |
| ボランティア活動 | 東京港みなと祭り |
| 海の森植樹ボランティア | |
| 広報誌の発行 | 年４回 |
令和5年度の活動報告